珲春有悠久的历史，早在四千多年前原始社会的新石器时代就有满族祖先“肃慎”族在珲春繁衍生息，现已发现20余处新石器时代遗址。由于珲春远离内地，因此，当时的生产力相对落后，在中原地区的秦汉时期，珲春始入青铜器时代。但当时“肃慎人”在生产方式上已有所发展，除渔猎外，种植和养殖已居重要地位。
关于“珲春”之名，最早在《金史》中有“浑蠢”名，后来在《明史》中也出现了“浑蠢”一名，并说明“浑蠢”来自女真语，也就是后来的满语。在此后的诸多史料中“浑蠢”还写作“浑淖浑”、“温车恨”、“浑蠢浑”、“弗出浑”、“弗出”、“训春”等，最后音译汉化为“珲春”。从“浑淖浑”到“珲春”，变化很大，但都是不同历史时期，由于满语音译时所用的汉字不同而造成的差异，珲春是其最后较稳定的译音。据《珲春县志》和《珲春乡土志》记载：珲蠢金时称作浑蠢，为魏晋时“沃沮”二字的变音。凡勿吉、窝集、扶余皆此音之转。《明史》又载，珲春为满语“边地、边陲、边陬（角落）、近边”之意。
据《三国志》和《新唐书》记载：早在公元前27年（汉河平二年），今珲春市境内的温特赫部城就已是高句丽的栅城。唐渤海国时期，在珲春温特赫部城设东京龙原府，领庆、盐、穆、贺4州。公元785年—794年，这里是渤海国国都。明朝奴尔干都指挥使司下属的密拉卫、乌尔珲山卫、童宽山卫（今珲春通肯山）等，都设在珲春一带。清初珲春属封禁区。1714年（清康熙五十三年），清政府设珲春协领，这是有资料可查的珲春地名第一次在官方出现。珲春协领下设卡伦（哨所）15处，隶属于宁古塔副都统。次年始建协领衙门于浑蠢水（即珲春河）之北，并开始建城。1859年（清咸丰九年），珲春协领升为副都统衔协领。1881年（清光绪七年），增设珲春副都统，统辖延边大部分地区。首任副都统依克唐阿继续在珲春筑城，初在今珲春市靖和街东部（第一百货商店东—东关路一带），俗称旧城。同年设吉林边务督办、珲春招垦局，开放荒围。1889年（清光绪十五年）前后在珲春相继建有副都统衙门、招垦总局、边务行营等军政机构。1909年（清宣统元年），设珲春厅，辖密江以东之地，治所仍在珲春城。添设吉林省东南路分巡兵备道，珲春厅抚民同知衙门与道台衙门同城。从此废除了吉林围场，实行“移民实边”政策，招民垦荒，驻靖边军，置防俄炮台，修通道路，整设驿站等，使珲春进入了重新建设时期。1913年（民国二年），珲春厅改为珲春县。珲春初建县时县城称首善乡珲春城。1930年后改称第一区。沦陷时期，1936年改称珲春街。1945年以后先后称珲春县、城区、城关区、第一区、珲春镇等。1988年撤销珲春县，改置珲春市。1991年被国务院批准为国家级对外开放城市，1992年3月9日国务院批准珲春为进一步对外开放沿边城市。